正常情况下比对相符的进项税额会自动出现在“增值税纳税申报表”和附表上的，不用手工输入。注意本月认证通过的进项发票的份数、金额、税额还要在附表（的第59行填列一下。对于等不及电子申报完成，就急需要购买发票的单位如何办？只好不等“稽核结果通知书”，先进行电子申报且收到申报成功的回执后，才可以购买发票。及时注意收取“稽核结果通知书”，等收到“稽核结果通知书”时，凭它立即到办税大厅请求重复申报。如果疏忽忘了收取“稽核结果通知书”，错过规定的申报月份，税务局将认为企业放弃抵扣。关于3%预缴增值税抵减的申请要办理预缴增值税抵扣要先到专管员处领“辅导期增值税一般纳税人增购增值税发票预缴增值税抵减申请审核表”，通过申请抵减，可以减轻辅导期纳税人的负担。但在实际操作中受许多限制，一般只能暂时放弃抵减，可等到第7个月辅导期结束后抓紧时间
企业研发费用加计扣除优惠。根据条例九十五条规定，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研究开发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。国税发〔2008〕116号文件印发了《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》。（三）农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠。根据条例八十六条规定，企业从事蔬菜水果等的种植；农作物新品种的选育；中药材的种植；林木的培育和种植；牲畜、家禽的饲养灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目的所得，免征企业所得税；企业从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植；内陆养殖等项目的所得，减半征收企业所得税。根据国税函〔2008〕850号文件规定，条例八十六条规定的农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠政策，可直接贯彻执行，对属已明确的免税项目，如已征税的，要及时退还税款。财税〔2008〕149号文件下发了《享受企业所得税优惠政策的农产品初加工范围（试行）》。
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